《合金装备：原爆点》是故事的序章，它发生在《幻痛》之前9年，这两部作品共同构成了完整的《合金装备5》。《幻痛》是主要部分，相对来说内容更多，而《原爆点》的时间则设定在《和平行者》结束以后。
1975年正是冷战的缓和时期，越南战争即将结束，世界开始在冷战的阴霾下逐渐复苏。不过，尽管两大超级大国之间的对抗趋于缓和，一小支军事力量却在此时逐渐在加勒比海地区站稳了脚跟。这是一种新型的军事组织，一支没有国籍和故乡的军队。这支军队的领袖是神秘的男子“Snake”，以地下形式秘密活动。他们是一群精英雇佣兵，为世界上的许多国家提供服务。随着他们的名声水涨船高，他们的资金和力量也开始逐渐膨胀。终于，有传言称这个组织已经获得了核武器。这引起了国际原子能组织的警惕，一支拥有核武器、没有国籍、没有明确行动纲领、未在反核扩散条约上签字的军事力量，开始让一些国家如芒在背。国际原子能组织也就此展开了调查。